金剛薩埵為淨除罪障，成就二利之本尊，是密乘中極為重要的一位本尊，金剛薩埵懺罪法，為密乘修行者四加 行前行 功課之一，為四派共許之必修法門，做為四加行與修習本尊前行之淨障、隨行供儀有漏或不足懺罪之法；續部中記載，任何眾生聽到金剛薩埵名號，觀想本尊，持誦 本尊心咒，能消除一切罪障，接受灌頂修持本尊法持誦心咒嚴守戒律，可去除生生世世輪迴無明所累積深重罪業，現世身體疾病、魔障、一切外來障礙皆得消除，來 生不墮三惡道，若身而為人，財富、健康、長壽具足。

往昔金剛薩埵於因地時曾發下宏願：『願我住於具有業障者面前，從而淨除他們的一切罪障。』故 在舊、新一切密乘修法中都以金剛薩埵佛尊作為懺悔時的皈依對境。
在大圓滿《應成續》中普賢如來授記現在這個末法時代是金剛薩埵佛尊普渡眾生的時代，阿底峽 尊者曾說：「修學小乘、大乘、密乘最重要的都是懺除業障，在八萬四千法門中，懺除罪障上最有加持力的就是密乘中金剛薩埵的修法。」法王如意寶晋美彭措法王 於1994年在青海所取出的金剛薩埵伏藏儀軌中曾示現，蓮華生大師在最後的一行小字上清楚地註明了該儀軌與漢地眾生有特殊的因緣，將利益以漢地為主的廣大 眾生。

密續亦中指出，若往昔不曾積累殊勝的福報，不但無緣見到金剛薩埵像和唸其心咒，甚至連名號也不可能聽到。我們現在有幸值遇金剛薩埵的修法，是歷劫中積累了無量福報的殊勝果報，故應精勤修持本尊法，令三業清淨，增長無量無邊的褔智。
修持金剛薩埵法門，將迅速有效的淨化宿因業障，其以四力具足，消滅惡業罪障令得清淨，止一切惡念令不增長：
(一)倚仗力：從內心深處激發起一股懺悔往昔罪孽的誠意，並對輪迴生起恐懼厭離心。
(二)決除力：了悟因果固定不變的真理，並痛下決心立誓不再造惡因。
(三)對治遍行力：思維三寶的威德，發宏願誓要利益無邊的眾生，以報佛恩。
(四)拔業力：勤習六種善巧法，以改變心識。以期達到念念皆善的境界，自然証得清淨本性。

這六種善巧法包括：念誦佛號、塑造佛像、印發經書、蓋寶塔、供養三寶、朗誦經典。持誦百字明咒懺悔的功效不可思議，於此末法時期唯有依靠金剛薩埵的 殊勝加 持力，才能淨除無量劫以來的罪孽，甚至重如殺父、害母、殺害阿羅漢、破和合僧團、惡意出佛身血等五無間業都能寂滅。此外也能累積無窮功德，平息天災人禍， 擺脫疾病窮困之苦，免受兵荒馬亂，敵人追殺及非時死亡的威脅，勤修此法，至誠懇切，一切罪業悉能懺除。